Установка переменных среды

Например нужно установить JAVA_HOME и CLASS_PATH

Самое правильно место в Убунте будет:
/etc/environment

PATH="/usr/local/Java/jdk1.5.0_07/bin:.:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/games"
LANG="en_AU.UTF-8"
LANGUAGE="en_AU:en"
JAVA_HOME="/usr/local/Java/jdk1.5.0_07"
CLASSPATH="/usr/local/Java/jdk1.5.0_07/lib:."

Также могут быть варианты:
/etc/bash.bashrc
/etc/profile
 
А для конктретного юзера то в
/home/username/.bashrc
/home/username/.profile