Разница между CATALINA_HOME и CATALINA_BASE.

Обычно эти две переменные среды ссылаются на одно физическое место на диске, куда был установлен Томкат.
Вариант когда эти переменные отличаются присутсвует тогда, когда нам необходимо иметь две отдельные инстанции Томката на разных портах одного сервера. При этом эти инстанции будут пользоваться классами из одного места.


Тоесть у нас есть установленный томкат это CATALINA_HOME.
И есть к примеру две инстанции, которые храняться каждая в своем каталоге и являются каждая для себя ссылкой на свой каталог в переменной CATALINA_BASE.
Структура каталого каждой инстанции должна соответсвовать каталогу CATALINA_HOME:

/usr/local/mywebbase/
|-- bin
|   `-- setenv.sh
|-- conf
|   |-- server.xml
|   `-- web.xml
|-- logs
|-- temp
|-- webapps
`-- work

setenv.sh в этом файле определяется сколько памяти выделить под данную инстанцию, настройки для нее сборщика мусора и т.д. catalina.sh проверяет есть ли этот файл в CATALINA_BASE/bin/setenv.sh и если есть вызывает его для настройки среды.
В CATALINA_BASE/conf/server.xml настраивается данная инстанция сервера, в первую очередь определяется порт, на котором будет работать данный сервер.

Дальше для каждой инстанции необходимо создать свой сервис в /etc/init.d/, в каждом файле запуска мы определем один и тот же CATALINA_HOME и каждый свой CATALINA_BASE.

Пару слов про обновеление томката, лучше всего в CATALINA_HOME хранить путь не на физическую место на диске, а на симлинку, которая будет меняться по мере обновления томката.
Например:
Есть инсталяция Томката в /usr/local/apache-tomcat-6.0.26.
Мы делаем не нее симлинку /usr/local/tomcat6. И во всех инстанциях Томаката ссылаемся на эту симлинку. Потом когда мы например обновим Томкат в новый каталог /usr/local/apache-tomcat-6.0.27, то мы просто изменим симлинку /usr/local/tomcat6 и на не нужно править каждый файл разных инстанций Томката.