Бинарные файлы(mysql-bin.0*) mysql зачем они нужны

/opt/local/mysql/data/
Туда записывается все что выполняется/происходит с базой. Все эти файлы групируются файлом mysql-bin.index, в нем внутри находится список всех файлов в порядке создания истории mysql-bin.0*.

По этим файлам реплики подтягивают свои актуальноси к мастеру.