Удалить с JAR/WAR-ника ненужный файл

1) Найти к файлу путь в архиве:

 
$ jar tvf ROOT.war  | grep javax.inject
  2497 Tue Jun 28 05:26:26 CEST 2016 WEB-INF/lib/javax.inject.jar

2) Установить zip утилиту (yum install zip или apt-get install zip)

3) Удалить по ранее определенному пути

$ zip -d ROOT.war WEB-INF/lib/javax.inject.jar
deleting: WEB-INF/lib/javax.inject.jar

4) Убедиться, что файл удалился

$ jar tvf ROOT.war  | grep javax.inject
$